Το στίγμα χάθηκε αφού η πτήση είχε ήδη μπει περίπου 16 χιλιόμετρα στον αιγυπτιακό εναέριο χώρο, και περίπου δέκα λεπτά μετά την τελευταία επικοινωνία. Σύμφωνα με την ελληνική Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, εξαφανίστηκε δύο λεπτά μετά την έξοδο από τον ελληνικό εναέριο χώρο.
Οι τελευταίες ανακοινώσεις από την EgyptAir υποστηρίζουν, σε αντίθεση με προηγούμενες αναφορές, ότι το αεροσκάφος εξέπεμψε σήμα κινδύνου. Αξιωματούχοι της αιγυπτιακής αεροπορίας ανέφεραν ανώνυμα στο Reuters ότι θεωρούν πως το αεροσκάφος συνετρίβη.
Από ελληνικής πλευράς, στην έρευνα που βρίσκεται σε εξέλιξη στη θαλάσσια περιοχή 130 ναυτικά μίλια νοτιοανατολικά Καρπάθου, συμμετέχουν ένα αεροσκάφος C-130 και το αεροσκάφος εγκαίρου προειδοποιήσεως EMB-145 H. Επίσης, ένα C-130 βορείως της Κρήτης κινείται προς την περιοχή του συμβάντος.
Η φρεγάτα Νικηφόρος Φωκάς βρίσκεται εν πλω κινούμενη προς τον ίδιο σημείο, ενώ έχει μετασταθμεύσει ένα ελικόπτερο Super Puma και κινείται για μεταστάθμευση ακόμη ένα S-70 στην Κάρπαθο σε ετοιμότητα.
Ο γάλλος πρόεδρος Φρανσουά Ολάντ επικοινώνησε το πρωί με τον αιγύπτιο πρόεδρο Αμπντελφατάχ αλ Σίσι. Το Παρίσι «δεν μπορεί να αποκλείσει τίποτε όσον αφορά τα αίτια» της εξαφάνισης, όπως σημείωσε ο γάλλος πρωθυπουργός Μανουέλ Βαλς. Στο Παρίσι θα συγκληθεί το πρωί έκτακτη υπουργική συνεδρίαση για την εξαφάνιση του αεροσκάφους.
Το Κάιρο έχει ήδη αναπτύξει συνεργεία αναζήτησης και ανατρέχει στα διαθέσιμα στοιχεία για την τεχνική κατάσταση του αεροσκάφους. Πρόκειται για αεροσκάφος Airbus Α320 κατασκευής του 2003, σύμφωνα με την εταιρεία.
Στο αεροσκάφος, που εκτελούσε την πτήση MS804, επέβαιναν 56 επιβάτες -ανάμεσά τους ένα παιδί και δύο βρέφη- και 7μελές πλήρωμα. Επιπλέον, σύμφωνα με την Egyptair, στο αεροσκάφος βρίσκονταν και τρία μέλη του προσωπικού ασφαλείας της εταιρείας, συνολικά δηλαδή επέβαιναν 66 άτομα.
Μεταξύ των επιβατών βρίσκονταν 30 Αιγύπτιοι, 15 Γάλλοι, 2 Ιρακινοί, 1 υπήκοος Κουβέιτ, 1, Βρετανίας, 1 Βελγίου, 1 Σαουδικής Αραβίας, 1 Σουδάν, 1 Τσαντ, 1 Πορτογαλίας, 1 Αλγερίας και 1 Καναδά.
Είχε απογειωθεί από το Σαρλ ντε Γκωλ του Παρισιού στις 22:45 το βράδυ της Τετάρτης και το στίγμα χάθηκε στις 02:30 (ώρα Καΐρου). Αιγυπτιακά ΜΜΕ ανέφεραν πως η τελευταία επαφή έγινε δέκα λεπτά πριν την εξαφάνιση και στην αρχή υποστήριζαν πως το αεροσκάφος δεν είχε εκπέμψει σήμα κινδύνου -κάτι που στη συνέχεια διέψευσε η εταιρεία.
H τελευταία επαφή με τις ελληνικές υπηρεσίες φαίνεται ότι ήταν εκείνη που έγινε όταν το αεροσκάφος πετούσε πάνω από την Κέα και σύμφωνα με τον διοικητή της ΥΠΑ Κώστα Λιντζεράκο ο κυβερνήτης «δεν ανέφερε προβλήματα».
Σύμφωνα με την εταιρεία, ο κυβερνήτης είχε 6.275 ώρες πτήσης (από τις οποίες οι 2.101 σε τέτοιου τύπου αεροσκάφος) και ο συγκυβερνήτης 2.766 ώρες πτήσης.
Σε ανάρτησή της στο Twitter, η εταιρία ανέφερε πως το αεροσκάφος πετούσε στα 37.000 πόδια και είχε ήδη μπει 16 χιλόμετρα στον αιγυπτιακό ενάεριο χώρο όταν χάθηκε «κάθε επαφή» μαζί του.
Σύμφωνα με αναφορές στην αιγυπτιακή Al Ahram, αξιωματούχοι της αιγυπτιακής πολιτικής αεροπορίας εκφράζουν την εκτίμηση πως το αεροσκάφος συνετρίβη στη θάλασσα.
Από τη γαλλική πλευρά, αξιωματούχος του Ντε Γκωλ που ερωτήθηκε από το Reuters περιορίστηκε στο ότι «το μοναδικό που μπορούμε να πούμε προς το παρόν είναι ότι το αεροσκάφος δεν προσγειώθηκε».
