Με Κανονισμό, που εγκρίνεται από την Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας (ΙΣΙ), κατόπιν εισηγήσεως της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου (ΔΙΣ), καθορίζονται τα καταχωριζόμενα στοιχεία και δεδομένα του Μητρώου, καθώς και οι προϋποθέσεις και ο τρόπος τήρησης, διάρθρωσης, λειτουργίας, ενημέρωσης και διασύνδεσης του Μητρώου με άλλα αρχεία και ο τρόπος δημοσίευσης των στοιχείων του. Διευκρινίζεται, επίσης, ότι οι Ιερές Μητροπόλεις υποχρεούνται να ενημερώνουν σχετικά με τους θρησκευτικούς λειτουργούς τους το μητρώο θρησκευτικών λειτουργών, ανεξάρτητα από τη λειτουργία του Μητρώου Ιεράς Συνόδου.
Επίσης, κατατάσσονται και τα Ιερά Ησυχαστήρια στα ΝΠΙΔ, για τα οποία ισχύουν οι ρυθμίσεις της κείμενης νομοθεσίας για τις Ιερές Μονές (άσκηση εποπτείας από τον οικείο μητροπολίτη κ.λπ.). Παράλληλα, δίνεται εξουσιοδότηση στην Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας να εκδίδει κανονισμούς λειτουργίας των εκκλησιαστικών νομικών προσώπων.
Προβλέπεται, ακόμη, ότι στο ηλεκτρονικό μητρώο θρησκευτικών λειτουργών που τηρείται στο υπουργείο Παιδείας περιλαμβάνονται εφεξής όλοι οι θρησκευτικοί λειτουργοί της Εκκλησίας της Ελλάδος, της Εκκλησίας της Κρήτης, των Ιερών Μητροπόλεων Δωδεκανήσου, των Μουφτειών της Θράκης και των Ισραηλιτικών Κοινοτήτων.
Παρέχεται, επίσης, η δυνατότητα επιχορήγησης από τον κρατικό προϋπολογισμό του Ινστιτούτου Ορθόδοξης Θεολογίας που λειτουργεί στο Ορθόδοξο Κέντρο του Οικουμενικού Πατριαρχείου στη Γενεύη και για τη λειτουργία κύκλου σπουδών μεταπτυχιακού επιπέδου (σήμερα το Ινστιτούτο επιχορηγείται μόνο για την ίδρυση αυτού), ενώ δυνατότητα επιχορήγησης από τον κρατικό προϋπολογισμό προβλέπεται και για τα ερευνητικά κέντρα και τους φορείς για την υλοποίηση ερευνητικών, εκπαιδευτικών και επιμορφωτικών προγραμμάτων, με σκοπό την προώθηση του θρησκευτικού διαλόγου, την καταπολέμηση της μισαλλοδοξίας, του ρατσισμού και του αντισημιτισμού.
