Ο κ. Ταφύλλης, θεωρείται ιδιαίτερα έμπειρος σε θέματα διαχείρισης κρίσεων, καθώς, σύμφωνα με το βιογραφικό του, έχει πλούσια επιχειρησιακή εμπειρία και πολυετή ενασχόληση τόσο σε πρακτικό όσο και σε θεωρητικό επίπεδο, στον συγκεκριμένο τομέα, αλλά και σε θέματα διοίκησης, όπως μεταδίδει το ΑΠΕ-ΜΠΕ.
Ο Γιάννης Ταφύλλης, από τον Δεκέμβριο του 2017 διευθύνει το Κέντρο Μελετών Ασφάλειας, στο πλαίσιο το οποίου, αμέσως μετά την ανάληψη των καθηκόντων του, ανέλαβε το συντονισμό δράσης για την αναμόρφωση του Συστήματος Διαχείρισης Εκτάκτων Αναγκών της χώρας.
Ωστόσο, έχει διατελέσει γενικός γραμματέας του Υπουργείου Εθνικής 'Αμυνας και γενικός γραμματέας Ψηφιακής Πολιτικής. Γνωρίζει σε βάθος τόσο το πλαίσιο συμβολής των Ενόπλων Δυνάμεων σε δράσεις Πολιτικής Προστασίας, όσο και τις ανάγκες της σε σύγχρονες υποδομές πληροφορικής και επικοινωνιών.
Κατά τη θητεία του ως γενικού γραμματέα ΥΠΕΘΑ τού ανατέθηκε ο επιχειρησιακός συντονισμός του προσφυγικού, αμέσως μετά την υπογραφή της Κοινής Δήλωσης ΕΕ-Τουρκίας.
Είναι εκλεγμένο μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Ένωσης των Ευρωπαϊκών Οργανισμών Έρευνας και Καινοτομίας.