Η πιο έντονη κριτική ασκήθηκε για το πως είναι δυνατόν οι ιερείς να μην ανήκουν πλέον στο δημόσιο αλλά να πληρώνονται από αυτό μέσω της επιχορήγησης.
«Δεν καταλαβαίνω πώς θα επιτευχθεί να μην είναι δημόσιοι υπάλληλοι οι κληρικοί ουσιαστικά όταν το κράτος διατηρεί την υποχρέωσή του να πληρώνει στην Εκκλησία τουλάχιστον 210 εκατομμύρια ετησίως προκειμένου αυτή να μισθοδοτεί εις τον αιώνα τον άπαντα τους ιερείς» δήλωσε στο Ποντίκι ο Νίκος Φίλης και πρόσθεσε: «Γιατί, όμως, αυτό σημαίνει ότι πρέπει να δίνονται τόσα χρήματα και να διασφαλίζονται οι 10.000 θέσεις των ιερέων;
Γνωρίζετε ότι στα χρόνια των μνημονίων είχαμε μόνο 8.000 μόνιμους νοσοκομειακούς γιατρούς;». Σχετικά με την εκκλησιαστική περιουσία είπε: «Χρειάζεται πολλή δημόσια συζήτηση και νομική διευκρίνιση και όχι γαλαντομίες εκ μέρους του κράτους.
Η εκκλησιαστική περιουσία είναι ένα ακανθώδες ζήτημα και δεν αντιλαμβάνομαι γιατί προωθείται μια ρύθμιση τύπου «περαίωση» υπέρ της Εκκλησίας – και μάλιστα προκαταλαμβάνοντας το Κτηματολόγιο, που θα ολοκληρωθεί τα αμέσως επόμενα χρόνια».
