Αδύνατη είναι, σύμφωνα με τον υφυπουργό Οικονομικών Γ. Μαυραγάνη, η κατάργηση του ΦΠΑ στα φάρμακα, δεδομένου ότι κάτι τέτοιο δεν προβλέπεται από την Κοινοτική Οδηγία με την οποία τίθεται το πεδίο εφαρμογής του φόρου προστιθέμενης αξίας και καθορίζονται ρητά οι συντελεστές ΦΠΑ σε αγαθά και υπηρεσίες. Ο κ. Μαυραγάνης, προχώρησε στη διευκρίνιση αυτή, με έγγραφό του το οποίο διαβιβάστηκε στη Βουλή προς απάντηση ερώτησης που είχε καταθέσει, πριν υπουργοποιηθεί ο Γ. Μιχελάκης. Συγκεκριμένα, ο κ. Μιχελάκης είχε ζητήσει τη θέση του υπουργείου Οικονομικών απέναντι στην πρόταση για πλήρη κατάργηση του ΦΠΑ στα συνταγογραφούμενα φάρμακα, καθώς με το υφιστάμενο καθεστώς τα Ασφαλιστικά Ταμεία καταβάλλουν στα φαρμακεία ΦΠΑ ύψους 6,5% για τα φάρμακα που χορηγούνται στους ασφαλισμένους του ΕΟΠΥΥ και των άλλων Ταμείων και στη συνέχεια οι φαρμακοποιοί αποδίδουν τον ΦΠΑ στην εφορία.
Ο κ. Μιχελάκης είχε επισημάνει ότι ακολουθείται μια άσκοπη διαδικασία, από τη στιγμή που κρατικοί φορείς καλούνται να καταβάλουν φόρο στο ίδιο το κράτος, ενώ με την κατάργηση του ΦΠΑ τα οφέλη θα μπορούσαν να είναι πολλαπλά διότι θα μειωνόταν η φαρμακευτική δαπάνη, θα απαλλάσσονται τα ασφαλιστικά Ταμεία από την υποχρέωση πληρωμής ΦΠΑ και θα μειωνόταν και η τιμή των συνταγογραφούμενων φαρμάκων.
Ο κ. Μαυραγάνης αναφέρει στην απάντησή του ότι στο παράρτημα ΙΙΙ του Κώδικα ΦΠΑ, έχουν περιληφθεί τα είδη που υπάγονται στον μειωμένο συντελεστή ΦΠΑ (13%), ενώ από 1.1.2011 διευρύνθηκε η εφαρμογή του υπερμειωμένου συντελεστή (6,5%), μεταξύ άλλων, στα φάρμακα και τα εμβόλια.