Στη δεύτερη φάση της επιχείρησης σχεδιάζεται να εκκενωθεί η περιοχή του καταυλισμού δεξιά από τις κατειλημμένες γραμμές του τρένου και τις επόμενες ημέρες θα απομακρυνθούν οι πρόσφυγες που προέρχονται από τις χώρες του Μαγκρέμπ, οι οποίοι έχουν στήσει τις σκηνές τους κοντά ή πάνω στις γραμμές του τρένου. Έτσι, η σιδηροδρομική γραμμή στην Ειδομένη αναμένεται ότι θα ανοίξει ξανά έως το τέλος της εβδομάδας. Σημειώνεται ότι το κλείσιμό της εκτιμάται πως έχει στοιχίσει περίπου 6 εκατομμύρια ευρώ στις μεταφορικές εταιρείες.
Η διαδικασία εξελίσσεται μέχρι στιγμής ομαλά και σύμφωνα με τον σχεδιασμό. Αναμένεται δε να συνεχιστεί και τις επόμενες μέρες μέχρι να αδειάσει πλήρως η Ειδομένη.
Από τη Δευτέρα βρίσκονται στην Ειδομένη περίπου 10 διμοιρίες της ΕΛ.ΑΣ. από την Αθήνα, στο πλαίσιο των έκτακτων μέτρων προς αποφυγή των εντάσεων. Στους αστυνομικούς έχει δοθεί εντολή να μην υπάρξουν σκηνές βίας και να αποφεύγονται οι εντάσεις, ενώ έχει δημιουργηθεί ζώνη ασφαλείας μέσα στην οποία δεν θα μπορούν να κινούνται άτομα άσχετα με την επιχείρηση.
Σημειώνεται ότι η κυβέρνηση έχει αποφασίσει ότι η κάλυψη για την απομάκρυνση των προσφύγων από την Ειδομένη δεν θα γίνει από όλους τους δημοσιογράφους, αλλά ότι να επιτρέψει την επί τόπου κάλυψη μόνο στα δημόσια δίκτυα της ΕΡΤ και του Αθηναϊκού Πρακτορείου (ΑΠΕ), προκαλώντας την αντίδραση του δημοσιογραφικού κόσμου.