Ο Ιωάννης Τζανιδάκης καταγόταν από την Αρχαία Ελεύθερνα του Ρεθύμνου. Αποφοίτησε από τη Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων το 1984 και ονομάστηκε Ανθυπολοχαγός Τεθωρακισμένων (Ανθυπίλαρχος). Διετέλεσε Υπασπιστής του υφυπουργού Άμυνας κ. Ιωάννη Πλακιωτάκη από το Σεπτέμβριο 2007 μέχρι τον Οκτώβριο 2009.
Το Μάρτιο του 2017 τοποθετήθηκε ως Υποδιοικητής της 1ης Στρατιάς έχοντας το βαθμό του Υποστράτηγου.
