Την απαλλαγή του Θοδωρή Ζαγοράκη από τις ποινικές ευθύνες που του καταλογίζονταν, αναφορικά με την οικονομική διαχείριση της ΠΑΕ ΠΑΟΚ, κατά την περίοδο που ασκούσε καθήκοντα προέδρου στην «ασπρόμαυρη» ΠΑΕ, αποφαίνεται, με βούλευμα, το Συμβούλιο Πλημμελειοδικών Θεσσαλονίκης.
Η υπόθεση άρχισε να ερευνάται από τη Δικαιοσύνη, κατόπιν ελέγχου που διενήργησε εταιρία ορκωτών λογιστών στα ταμεία της ΠΑΕ. Η πορισματική έκθεση των ορκωτών λογιστών διαβιβάστηκε στο ΣΔΟΕ, το οποίο πραγματοποίησε νέο έλεγχο, από τον οποίο προέκυψε άνοιγμα, που ξεπερνούσε τις 700.000 ευρώ.
Με βάση τα παραπάνω, απαγγέλθηκε τον Σεπτέμβριο του 2012 ποινική δίωξη σε βάρος του Θ. Ζαγοράκη, αλλά και του πρώην προέδρου της ΠΑΕ ΠΑΟΚ, Ηλία Βιολίδη, για υπεξαίρεση και απιστία. Στο επίκεντρο της δικογραφίας βρέθηκε η διευκόλυνση που φέρεται ότι παρείχε στην «ασπρόμαυρη» ΠΑΕ ο επιχειρηματίας Ηλ. Βιολίδης, μέσω της χορήγησης τραπεζικών επιταγών.
Τον Ιανουάριο του 2013, οι δύο άλλοτε «ισχυροί» άνδρες της ΠΑΕ κλήθηκαν να απολογηθούν σε τακτικό ανακριτή, από τον οποίο αφέθηκαν ελεύθεροι με καταβολή εγγυοδοσίας ύψους 5.000 ευρώ.
Στη συνέχεια όμως, η δικογραφία διαχωρίστηκε, καθώς στην περίπτωση του άλλοτε αρχηγού της Εθνικής μας ομάδας ποδοσφαίρου και νυν ευρωβουλευτή, έπρεπε να δρομολογηθεί η διαδικασία άρσης της σημερινής του ιδιότητας. Έτσι, αφού ανεστάλη αρχικά η σε βάρος του ποινική δίωξη, στη συνέχεια ήρθη από το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο η ιδιότητά του ως ευρωβουλευτή. Ακολούθησε συμπληρωματική ανάκριση, για να φτάσει η υπόθεση στο Συμβούλιο Πλημμελειοδικών που με βούλευμα τον απαλλάσσει τώρα από κάθε κατηγορία. «Δεν προκύπτουν ενδείξεις ενοχής σε βάρος του» αναφέρεται, μεταξύ άλλων, στο απαλλακτικό βούλευμα.
Σε αντίθεση όμως με τον Θ. Ζαγοράκη, ο Ηλ. Βιολίδης, με προηγούμενο βούλευμα του αρμόδιου Δικαστικού Συμβουλίου, το οποίο δημοσιεύτηκε στις αρχές του 2015, παραπέμφθηκε για την υπόθεση σε δίκη ενώπιον του Τριμελούς Εφετείου Κακουργημάτων Θεσσαλονίκης.
