Το έργο ήταν υπό την επιστημονική εποπτεία του Πρύτανη του ΑΠΘ, καθηγητή Γιάννη Μυλόπουλου και πραγματοποιήθηκε από την Πολυτεχνική Σχολή του ΑΠΘ, έπειτα από απόφαση της Κοσμητείας της (2/18-10-2011). Η ερευνητική ομάδα αποτελούνταν από 28 καθηγητές και 27 υποτρόφους, απόφοιτους και μεταπτυχιακούς φοιτητές της Πολυτεχνικής Σχολής του ΑΠΘ. Η συμμετοχή των καθηγητών ήταν εθελοντική, ενώ τα ανελαστικά έξοδα του έργου καλύφθηκαν από την Επιτροπή Ερευνών του ΑΠΘ.
Το έργο ξεκίνησε το Μάρτιο του 2012 και το πρώτο τετράμηνο έγινε η συλλογή των στοιχείων, η αποτύπωση των χώρων εντός και εκτός του Ιστορικού κτιρίου της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης από ομάδα υποτρόφων, που εργάζονταν υπό την επίβλεψη μελών ΔΕΠ. Κατά την παραμονή της ερευνητικής ομάδας στη Χάλκη συλλέχθηκαν δείγματα υλικών και πραγματοποιήθηκαν διάφορες ειδικές μετρήσεις (για υγρασία, αντοχή υλικών κ.α.), ενώ έγινε αυτοψία του περιβάλλοντα χώρου ως προς τη βλάστηση και την δυνατότητα φύτευσης νέων φυτών στον αύλειο χώρο της Σχολής.
Με την επιστροφή των ομάδων άρχισε η επεξεργασία των δεδομένων, η αξιολόγηση του υλικού και η σύνταξη της μελέτης αποκατάστασης, ενώ παράλληλα μελετήθηκε το κτιριολογικό πρόγραμμα για μαθητές, χρήσεις των χώρων, υφιστάμενων και νέων.
Στις 20 Ιουλίου 2012 έγινε η παρουσίαση τριών προτάσεων - σεναρίων για τους νέους και υφιστάμενους χώρους στον σεβασμιότατο Ηγούμενο της Μονής και Μητροπολίτη Προύσης Ελπιδοφόρο. Ο ίδιος με τη σειρά του παρουσίασε τα δεδομένα στις 27 Σεπτεμβρίου 2012 στην Ιερά Σύνοδο στην Κωνσταντινούπολη, η οποία αξιολόγησε και επέλεξε τη βέλτιστη κατά την κρίση της πρόταση για τα αρχιτεκτονικά και τους εξωτερικούς κοιτώνες.
Μετά και την πλήρη αποτύπωση και αποτίμηση της φέρουσας ικανότητας του ιστορικού κτιρίου, τους εργαστηριακούς και μηχανολογικούς ελέγχους ξεκίνησαν οι εργασίες, που πλέον ολοκληρώθηκαν.
Προσφάτως το τουρκικό κράτος έχει εκφράσει την πρόθεσή του να επιστρέψει στην Ιερά Μονή της Χάλκης την ιδιοκτησία του Λόφου της Ελπίδας, στην κορυφή του οποίου είναι εγκαταστημένη η Μονή. Το ΑΠΘ αποδέχθηκε την πρόταση του σεβασμιότατου Μητροπολίτη Προύσης Ελπιδοφόρου να αναλάβει και το έργο αξιοποίησης της δασικής έκτασης του Λόφου της Ελπίδας. Η ερευνητική ομάδα αυτού του έργου, αποτελείται από μέλη της Γεωπονικής και Δασολογικής Σχολής, ενώ την επιστημονική ευθύνη του έργου θα έχει ο Πρύτανης του ΑΠΘ, Γιάννης Μυλόπουλος.
«Είναι ξεχωριστή τιμή και χαρά για το ΑΠΘ και για μένα προσωπικά να σας παρουσιάζουμε σήμερα με τους συναδέλφους της επιστημονικής ομάδας το πολύπλευρο και εξαιρετικά σημαντικό έργο, που ανέλαβε και έφερε εις πέρας το Πανεπιστήμιό μας, τη μελέτη αποκατάστασης της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης» είπε μεταξύ άλλων ο Ηγούμενος Ιεράς Μονής Χάλκης, Μητροπολίτης Προύσης Ελπιδοφόρος.
«Με μεγάλη χαρά αναλάβαμε το έργο σε μια πολύ δύσκολη οικονομική συγκυρία, έχοντας βαθιά συνείδηση όχι μόνο της κρισιμότητας του για το Οικουμενικό Πατριαρχείο, αλλά και της υποχρέωσης του Πανεπιστημίου να διαθέτει τη γνώση που παράγει προς όφελος της κοινωνίας.
» Τρία είναι τα σημεία που κάνουν το έργο μοναδικό. Πρώτον το γεγονός ότι σε μία εποχή κρίσης αξιών και απόλυτης εσωστρέφειας ενεργοποιήθηκε όλη η Πολυτεχνική Σχολή του ΑΠΘ, συμμετέχοντας αφιλοκερδώς και με προσήλωση για ένα κοινό σκοπό. Δεύτερον, η όλη προσπάθεια, που συνιστά υπόδειγμα προσφοράς, αναδεικνύει τον πραγματικό ρόλο του Πανεπιστημίου, που δεν είναι άλλος από τη σύνδεσή του με την κοινωνία και την προσφορά στο κοινωνικό σύνολο. Τέλος, αλλά ίσως σημαντικότερο, είναι το ότι για πρώτη φορά ένα Πανεπιστήμιο συμβάλλει καθοριστικά στο έργο του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Και το γεγονός ότι ο τελικός αποδέκτης είναι ένας ιερός θεσμός παγκόσμιας εμβέλειας και ακτινοβολίας, προσδίδει ακόμα μεγαλύτερη αξία στο έργο».