Στο συμβούλιο διοίκησης που θα συσταθεί θα μετέχει εμπειρογνώμονας από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, σύμφωνα με την Καθημερινή.
Σύμφωνα με το σχέδιο νόμου, η Ανεξάρτητη Αρχή Δημοσίων Εσόδων θα αντικαταστήσει από το 2017 τη Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων και ο επικεφαλής της θα έχει τον τίτλο του διοικητή.
Η Αρχή έχει λειτουργική ανεξαρτησία, διοικητική και οικονομική αυτοτέλεια (θα έχει δικό της προϋπολογισμό) και δεν υπόκειται σε έλεγχο από κυβερνητικά όργανα, κρατικούς φορείς ή άλλες διοικητικές αρχές, ενώ ταυτόχρονα δεν υπόκειται και σε ιεραρχικό έλεγχο, δηλαδή από το υπουργείο Οικονομικών.
Όργανα διοίκησης της Αρχής αποτελούν το συμβούλιο διοίκησης και ο διοικητής και ένας εμπειρογνώμονας από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή. Κατά την επιλογή του συμβουλίου διοίκησης θα μετέχουν και δύο στελέχη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.
Το μόνο που μπορεί να κάνει ο εκάστοτε υπουργός Οικονομικών είναι να καταθέσει προτάσεις και να δώσει στρατηγικές οδηγίες σχετικά με τον σχεδιασμό για την υλοποίηση της κυβερνητικής πολιτικής.